Selepas kematian Endo, Nikai kembali ke Wakayama, di mana dia memenangi kerusi di Perhimpunan Wilayah Wakayama pada tahun 1975. Nikai terpilih menjadi ahli Dewan Perwakilan pada 1983.[1] Beliau adalah ahli faksi Noboru Takeshita dalam Parti Demokratik Liberal, tetapi meninggalkan parti itu pada 1993 untuk bergabung dengan Parti Pembaharuan Jepun (Shinseitō). Sebagai ahli JRP, beliau berkhidmat sebagai Timbalan Menteri Perhubungan di bawah Morihiro Hosokawa pada 1990.[1]

Beliau kemudian menjadi ahli Parti Liberal, Parti Konservatif, dan Parti Konservatif Baru, parti bebas dalam gabungan dengan LDP. Sebagai Setiausaha Agung NCP dan sebahagian daripada gabungan pemerintah, Nikai menjabat sebagai Menteri Perhubungan di bawah Keizō Obuchi dan Yoshirō Mori. Setelah NCP bergabung dengan LDP pada 2003, Nikai menjadi ahli LDP sekali lagi, dan dilantik sebagai Pengarah Biro Hal Ehwal Umum pada 2004.[1]

Kemudian, di bawah Perdana Menteri Yasuo Fukuda, Nikai dikembalikan ke jawatan Menteri Ekonomi, Perdagangan dan Industri pada 1 Ogos 2008.[3] Nikai diketahui mempunyai hubungan yang kuat dengan para pemimpin China dan membawa bekalan bantuan ke Sichuan setelah gempa bumi berlaku di sana pada Jun 2008.[1] Dalam Kabinet Perdana Menteri Taro Aso, yang dilantik pada 24 September 2008, Nikai dipertahankan sebagai Menteri Ekonomi, Perdagangan dan Industri.[4]

Kini, Nikai telah berkhidmat sebagai Setiausaha Agung LDP sejak Ogos 2016. Beliau merupakan Setiausaha Agung LDP paling lama dalam sejarah dan disifatkan sebagai orang penting dalam politik Jepun.[5]